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多くの場合、アンインストール時にはファイルだけでなくレジストリ（アプリケーションの各種設定値）やシステムフォルダ(C:¥Windows¥system32)のファイル（複数のアプリケーションで共有されているDLLなど）の削除が必要になります。手動でフォルダを削除すると、これらの情報が残ってしまい、ディスク容量を無駄に消費したり、再インストール時に問題が発生することがあります。

アンインストーラの仕事は、消すべきものを消して、消すべきでないものを消さないことです。消すべきものが消されていないと、不要なゴミが残ります。共有ファイルは、参照カウントを使い、カウントが0になったら、消すべきと判断されます。それまでは消すべきものではありません。