Next Magic Inc.

はい。削除して構いません。

なぜなら、インストールが完了すれば、基本的にはインストールに使ったファイルは使わないからです。

アンインストールに必要なファイルは、すでに必要な場所（例えば「C:¥Windows¥Installer以下」や「C:¥Program Files¥プログラム名以下」に保存されています（一般的に、MSIインストーラでは前者の場所です）。

従って、インストーラ（setup.exeや周辺ファイルなど）は削除しても問題ありません。

ただし、CD-ROMなどの外部メディアからインストールしているのでなければ、後で再インストールするために、インストーラを外部メディアにバックアップしておくことを推奨します。