Windows Installer Service(MSIServer)がセーフモードで起動しないためです。
セーフモードでも特定のサービスを起動させるためには、

HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\SafeBoot\Minimal

に、サービス名を書いたキーを新規登録します。ここではMSIServerとなります。

• キー名　MSIServer
• 名前 （既定）
• 種類 REG_SZ
• データ Service

ここでデータにServiceと書くのは、識別するためです。ここにはServiceだけでなくDriverなども登録されているためです。

詳細は種々のサイトに委ねます。例えば次のようなサイトを参照すると良いです。
How to Make Windows Installer Work In Safe Mode.