Windows Installer Service(MSIServer)がセーフモードで起動しないためです。
セーフモードでも特定のサービスを起動させるためには、
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\SafeBoot\Minimal
に、サービス名を書いたキーを新規登録します。ここではMSIServerとなります。
- キー名 MSIServer
- 名前 (既定)
- 種類 REG_SZ
- データ Service
ここでデータにServiceと書くのは、識別するためです。ここにはServiceだけでなくDriverなども登録されているためです。
詳細は種々のサイトに委ねます。例えば次のようなサイトを参照すると良いです。
How to Make Windows Installer Work In Safe Mode.